汕尾開放大學是由汕尾市人民政府舉辦、市教育局主管的新型高等學校。市政府通過規劃引導、經費投入、政策支持和監督評價等方式對學校進行宏觀管理。成立汕尾終身教育指導委員會，指導汕尾地區終身教育事業不斷創新發展。

汕尾開放大學具備獨立法人資格，機構為正處級設置，按照地方辦學、體系管理的原則，實行黨組織領導下的校長負責制。汕尾開放大學與汕尾社區大學實行“兩塊牌子、一套人馬”的運行管理模式。學校在校長的領導下，探索適合自身辦學發展的人才培養體制、人事管理體制、科研管理體制、后勤管理體制和社會服務機制。

汕尾開放大學是廣東開放大學體系的重要組成部分，業務上接受廣東開放大學的指導，共享全省優質教育資源。在統一教育質量標準的基礎上，以廣東開放大學為依托，建立教育成本分擔與分配、資源整合與共建共享、社會化服務、激勵與協調、質量保障與評價等運行機制。

汕尾開放大學與縣（市）開放大學之間，統籌建設集教學、科研、管理、服務于一體的網絡平臺，共同搭建全體社會成員終身教育服務平臺，實現優質學習資源的充分流動和共享。汕尾開放大學與縣（市）開放大學以及鄉鎮、街道學習中心之間開展合作辦學并對其進行業務指導，在資源建設、學分互認、師資培訓等方面分工合作，互為補充，共同發展。

汕尾開放大學按照“精簡、統一、高效、協調”的原則設立內設機構，擬設置辦公室、組織人事處、招生與合作辦學處、教務處（包括奧鵬學習中心）、教學科研處、培訓部、總務處、實驗中心（信息技術中心）。